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[微生物] WHONET数据文件转换”助手“—BACLINK

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发表于 2017-3-16 01:06:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
       实验室细菌鉴定药敏数据如要实现WHONET统计,必须要把数据文件中所有的细菌名称、抗生素、标本类型等转换成WHONET识别的代码和格式。如果运用BACLINK进行转换,初次设置成功后,便可一劳永逸。BACLINK是WHONET软件自带程序,即成功安装WHONET软件后,就可使用BACLINK。BACLINK可将实验室LIS系统或其它软件中导出的EXCEL、TXT等格式的数据文件转换成WHONET识别格式的文件。

初次设置转换步骤如下:
1.   将实验室数据文件转换成TXT格式的文件;
2.   打开BACLINK,设置新文件格式(包括表头对应、代码对应等);
3.   开始文件转换;
4.   打开WHONET程序,对BACLINK成功转换的文件进行统计分析。

具体操作流程如下:
一、将实验室数据文件转换成TXT格式的文件
1.   打开需要转换格式的Excel文件,另存为 “.CSV” 纯文本文件
2.   打开TXT记事本,选择打开步骤1保存的 “.CSV” 文件,然后保存成TXT格式即可。
为了方便,可将该文件按照如下路径保存 “C:WHONET/Data”。
二、 打开BACLINK,设置新文件格式(包括表头对应、代码对应等)
1.   打开BACLINK程序,点击 “Select language“ 将语言选择成中文简体。
2.   点击 “新格式” 选项,设置各实验室的 ”国家、实验室名称和实验室代码“。
3.   点击 “文件结构“ 对数据文件结构进行描述:
文件结构:文本(定界限)
字段分隔符:“,“
文件位置:“C:\WHONET5\Data\“
文件名:“*.txt“
文件来源:“Windows(ANSI)”
4.   文件结构描述完成后,进行“抗生素”的定义,具体如下:
文件中是否包括抗生素结果:选择“是”选项;
指南:选择“CLSI”;
抗生素以何种顺序出现:选择“固定抗生素顺序”;
数据文件包含哪些实验方法:根据实验室情况选择实验方法,如选择“MIC“,即在后方的方框中单击打勾。
5.   选择数据字段,点击“数据字段“,在新出现的对话框中点击“选择标本数据文件”,然后出现在左边框内的内容是转换后的WHONET文件的表头内容,可根据需要在“修改数据字段表”选项中进行表头内容的修改(添加项目列或者删除项目列),同时点击“抗生素“旁边的“增加”,将实验室所有进行检测的抗生素添加;右边框内的内容是上述转换成“.CSV”格式文件的内容,通过两边方框中间的“=”,将左右框内相同的项目列进行对应。
6.   在此过程中需要注意所添加抗生素使用的指南和实验方法。
7.   完成对应后,点击“OK”,保存上述设置,命名为“本实验室三个字母代码.cfg”。
三、开始文件转换
1.   退回到BACLINK刚打开的界面,在“文件格式”后面选中实验室名称,选择所需转换文件的“文件名、表的名称”,在“新数据文件”中选择新文件保存的路径和表的名称,然后点击“开始转换“。
2.   在转换过程中如遇到文件中存在不能识别的代码或内容,系统会弹出对话框进行警示。
3.   在警示的对话框中,点击“定义代码”,将对话框中的未定义的、细菌名称、标本类型等分别进行定义。注意:细菌名称、标本类型、抗生素必须定义为WHONET Code表中规定的细菌名称代码、标本类型代码和抗生素代码。
4.   所有代码全部定义完成后再次点击“开始转换”,直到数据转换完全成功。
四、上述步骤完成后,就可将转换成功的文件在WHONET程序中进行分析,后期若有新数据,只需要先将文件转成“TXT”格式,然后从步骤三,“开始文件转换”步骤开始即可。
                                                                                                                                    编辑:范伟伟
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